Elokuvan tapahtumat sijoittuvat Lappiin syksyllä 1944, Suomen ja Saksan väliseen konfliktiin toisen maailmansodan loppuvaiheessa.

Nuori sotamies Heikki taistelee Karjalan kannaksella ystävänsä Paulin kanssa. Komppaniaan liittyy vankilasta vapautunut Arvo, jonka maailmankuva haastaa muiden käsitykset sodasta ja velvollisuudesta. Aselepo herättää toivon kotiinpaluusta, mutta pian selviää, että Suomen on käännyttävä entisiä saksalaisia liittolaisiaan vastaan Lapissa.

Samaan aikaan Rovaniemellä saksalaisten tulkkina työskentelevä Saara joutuu valitsemaan tulevaisuutensa: jäädä Suomeen vai paeta Saksaan rakastettunsa, majuri Duisbergin, kanssa.

Lapin sota on vahvasti hahmojensa inhimillisiin kokemuksiin nojaava kertomus ihmisistä, jotka ajautuvat historiallisten mullistusten keskelle. Sodan kauheuksien keskeltä he etsivät merkitystä, inhimillisyyttä ja anteeksiantoa – ja kysyvät, miten armottomassa ympäristössä voidaan löytää armollisuutta.